Het beoordelingsonderzoek ter plaatse wordt ook wel audit genoemd. Het doel van het onderzoek is door waarneming vast te stellen of het werk van het laboratorium wordt uitgevoerd in overeenstemming met het beschreven kwaliteitssysteem. Ook wordt gekeken of het voldoet aan de CCKL Praktijkrichtlijn, beroepsspecifieke criteria en het principe van ‘state of the art'.

Het onafhankelijke onderzoeksteam van CCKL kijkt vooral naar het functioneren van de algehele organisatie en de uitvoering van de laboratoriumonderzoeken.

Het eerste deel is vooral de taak van de teamleider. Hij voert gesprekken met het management om een indruk te krijgen van de operationalisering van het kwaliteitssysteem en het draagvlak ervoor bij de medewerkers.
Het tweede deel wordt met name uitgevoerd door vakdeskundigen. Zij verdiepen zich in een aantal verrichtingen. En staan uitgebreid stil bij aspecten als zorgvuldigheid, veiligheid, kalibratie, herleidbaarheid, resultaten kwaliteitsbewakingprogramma's, aanwezigheid van goede voorschriften, juiste diagnose en uitslagen, kennis van zaken en rapportage.

Het onderzoeksteam maakt van zijn bevindingen een rapport. Dat bevat naast de beschrijvende tekst een overzichtstabel. Hierin is in één opslag te zien hoe het laboratorium heeft gescoord op verschillende onderdelen. De tabel maakt onderscheid tussen documentatie en implementatie. Dat is noodzakelijk, omdat de implementatie beter kan zijn dan de documentatie, maar ook het omgekeerde kan voorkomen. Deze tabel geeft feitelijk een samenvatting van de bevindingen van het beoordelings­team en bepaalt in hoeverre de instelling accreditatiewaardig is.